כאשר טיפול שורש נכשל- קיימות לפני הרופא והמתרפא שתי אופציות טיפוליות:
1) חידוש טיפול שורש. בטיפול זה מהרופא מסלק את סתימת השורש הישנה, מנקה את שורש השן מחדש ואוטם את השן.
2) Apicetomy קיטוע חוד השורש - בטיפול זה מסיר הרופא את חוד השורש המזוהם ואוטם אותו מכיוון השורש.
חידוש טיפול שורש- הקשיים הטכנים העיקריים בחידוש טיפול שורש הם סילוק סתימת השורש הישנה וניקוי התעלות תוך שמירה על תוך שמירה על השן. לשם הסרת סתימת השורש הישנה משתמש הרופא בממסים אורגניים כמו אאוקליפטול או פנול אלו מרככים את חומר סתימת השורש ומאפשרים את הוצאתו ביתר קלות. כיום קיימים גם מכשירים רוטטוריים מניקל טיטניום לבצוע טיפול זה.
הסיכונים בחידוש טיפול שורש נובעים מאופי קירות השן שעברה טיפול שורש. אלו דקים יחסית בשל הטיפול הקודם, נוסף לכך חומר השן הופך קשה ופריך וכתוצאה מכך נוטה להסדק ולהישבר בהפעלת כוחות - (זוהי אחת הסיבות לביצוע כתרים על גבי שיניים שעברו טיפולי שורש הכתר חובק את צוואר השן ומחזק אותה מבחינת עמידות לכוחות).
יתרונות חידוש טיפול שורש הם אחוזי הצלחה גבוהים יחסית . אין הסרה של חומר שן בחוד השורש אורך השורש לא משתנה ואחיזתה בעצם לא נפגעת, כמוכן חידוש טיפול שורש ניתן לבצע כמעט בכל שן.
אפיסקטומי- בטיפול זה מבצע הרופא חתך בחניכים בסמוך לחוד שורש השן המזוהמת. מגיע לקצה חוד שורש השן וקוטם אותו. בהמשך מבצע הרופה ניקוי של חלק מהזיהום בשורש השן (אין אפשרות להגיע עד לכותרת) ואוטם אותו לכיוון הכותרת - סתימה זו נקראת רטרוגראדית. מבחינה טכנית הזיהום לא סולק לחלוטין אלא נאטם בתוך חלל המוך ותעלות השורש.
היתרון העיקרי באפיסקטומי הוא שאין צורך להסיר שחזור קיים בשן- לפני ביצוע חידוש, פעולה זו עלולה להיות פעולה בה מופעל כך רב ובמיקרים חריגים שיניים עלולת להתלש. במיקרים אחרים יש לחתוך את הכתר בכדי להסירו- במקרה כזה תיווסף לעלות היטפול עלות הכתר-גשר החדשים. פרט לכך יש שיניים בהן חוד השורש אינו תעלה בודדת אלא מספר תעלות מתכנסות מבנה זה נקרא דלתה Apical delta. במצב אנטומי זה אין אפשרות לנקות את כל התעלות בטיפול שורש רגיל האופציה הטיפולית המועדפת במצב זה הוא אפיסקטומי.
החסרונות באפיסקטומי במהלך הניתוח מסיר הרופא חלק מחוד השורש ובכך פוגע באחיזתה בעצם. הפעולה עצמה מורכבת ודורשת בהרבה מיקרים טיפול על ידי מומחה- כירוג או אנדודונט. אי אפשר לבצע בכל שן אפיסקטומי בלסת תחתונה קיים סיכון לפגיעה בעצב המנדיבולרי. אחוזי ההצלחה נמוכים מאלו של חידוש טיפול שורש.
אינדיקציות לביצוע אפיסקטומי
חידוש טיפול שורש הוא טיפול עדיף מבחינת השן נבחר לבצע אפיסקטומי במיקרים בהם הכדאיות לבצע חידוש נמוכה כמו חידוש בשן תחת גשר גדול שאי אפשר להסירו ללא גרימת נזק ניכר, מקרים בהם חידוש טיפול שורש נכשל, כאשר ריקות השן הקיימים דקים וחלשים מידי לביצוע חידוש ללא פריצה שלהם או יצירת סדק בשן.